Azərbaycan Respublikasının dövlət müstəqilliyinin bərpasının 25-ci ildönümü İndoneziya və Azərbaycan arasında ikitərəfli münasibətlərin möhkəmləndirilməsi və dərinləşdirilməsi üçün də böyük təkan rolunu oynayır. İndoneziya 1991-ci ildə Azərbaycan Respublikasının müstəqilliyini tanıyan ilk ölkələr arasında olmaqdan məmnundur. Bu tanıma 24 sentyabr 1992-ci il tarixində Moskva şəhərində imzalanmış kommünike əsasında iki ölkə arasında diplomatik münasibətlərin rəsmiləşdirilməsi ilə davam etmişdir. Bu, bir-birinin suverenliyinə və ərazi bütövlüyünə qarşılıqlı hörmət əsasında formalaşmış münasibətlərdir.